Ο στόχος της Ειδικής Φυσικής Αγωγής στο Ε.Ε.Ε.Ε.Κ Ιωαννίνων είναι ίδιος με αυτόν της Φυσικής Αγωγής στην υποχρεωτική εκπαίδευση και συμβάλλει κατά προτεραιότητα στη σωματική ανάπτυξη των μαθητών. Παράλληλα βοηθάει στην ψυχική και πνευματική τους καλλιέργεια, καθώς και στην αρμονική ένταξή τους στην κοινωνία

Προτεραιότητα έχει η ανάπτυξη των κινητικών δεξιοτήτων των μαθητών και μέσω αυτών η καλλιέργεια των φυσικών τους ικανοτήτων, καθώς και η ενίσχυση της υγείας τους.

• Ανάπτυξη κινητικών δεξιοτήτων
• Ανάπτυξη των φυσικών δεξιοτήτων: ταχύτητα, ευλυγισία, ευκινησία και επιδεξιότητα.
• Η προαγωγή της υγείας και ευεξίας
• Καλλιέργεια του ρυθμού.
• Η δημιουργία κινήτρων για την ενεργό και πρόθυμη συμμετοχή του στις κινητικές και αθλητικές δραστηριότητες.
• Η ανάπτυξη της αυτοεκτίμησης .
• Η μείωση του άγχους και της έντασης.
• Η ενίσχυση της αντίληψης του σώματός του.